La Religion (1793) confronte la raison à deux énigmes. D´une part, comment le mal commis est-il possible ? Nous jugeons les auteurs des maux infligés aux êtres humains par d´autres êtres sans douter de leur appartenance à l´humanité (puisque nous ne jugeons que des humains), alors que le choix de les commettre est, pour un être raisonnable, incompréhensible. Enigme d´autant plus forte que l´humanité commet infiniment plus de maux qu´elle ne fait le bien.
D´autre part, la croyance est une énigme pour l´incroyant, comme l´incroyance l´est pour celui qui croit. C´est ainsi toute une part du référentiel selon lequel chacun déchiffre le monde qui nous reste mystérieuse dans les relations interpersonnelles, lors même que la pratique d´un culte est le plus souvent publique. Le rapprochement des deux problèmes ainsi posés à la raison fait l´unité d´un livre qui, au moment où s´achève l´époque des Lumières, en interroge à la fois les ressources et les limites.